Суворов получает от Павла I два рескрипта, в которых сообщается о разрыве союза с Австрией и приказывается готовить русскую армию к возвращению в Россию. Во второй половине ноября русская армия начала возвращение.
В Богемии и Северной Австрии она расположилась на отдых в окрестностях замка Шкворец (сам Суворов остановился в Праге) в ожидании возможного возобновления войны с Французской республикой. Однако его не последовало, и 14 января 1800 года русские войска двинулись в Россию.
В Кракове Суворов сдал командование А. Г. Розенбергу и направился в Санкт-Петербург. По пути он заболел и остановился в своём поместье в Кобрине. Императором к нему был направлен лейб-медик М. А. Вейкард, и когда состояние Суворова улучшилось, он продолжил путь. В Петербурге ему готовилась торжественная встреча. Однако в это время Суворов неожиданно вновь попадает в опалу. Поводом к ней было то, что в Итальянском и Швейцарском походах Суворов держал при себе дежурного генерала, что полагалось иметь только монарху. Относительно подлинных причин опалы выдвигаются самые различные версии.